Für eine ganze Reihe neuer EBM-Ziffern existieren keine Entsprechungen in der GOÄ mehr. Bei der Abrechnung behelfen sich Ärzte deshalb im Regelfall mit Analogziffern, die eine im Hinblick auf Zeitaufwand, Kosten und Art gleichwertige Leistung erfassen. Der eingeführte Basistarif in der Privaten Krankenversicherung sorgt hier für Probleme. Die Privatärztlichen Verrechnungsstellen weisen darauf hin, dass Patienten mit diesem Versicherungsschutz nur "ausreichende, zweckmäßige und wirtschaftliche" Behandlungen erstattet bekommen. Als Standard dafür ist explizit der EBM festgelegt. Ärzte dürfen PKV-Versicherten im Basistarif deshalb nur Leistungen in Rechnungen stellen, die auch im EBM definiert sind, der Einsatz von Analogziffern ist nicht zulässig. Zudem erstatten die Versicherungen auch hier nur maximal den 1,8-fachen Gebührensatz. Bei höheren Faktoren muss der Patient die Differenz aus eigener Tasche zahlen. Betroffene Patienten sollten vor einer Behandlung auf diesen Sachverhalt hingewiesen werden.